Durante la lunga convalescenza prese a leggere, in mancanza dei richiesti e non trovati romanzi di cavalleria, la Vita di Cristo di Ludolfo di Sassonia e la Leggenda Aurea di Jacopo da Varazze. In lui qualcosa andava mutando, cominciava il suo processo di conversione religiosa dove Íñigo trasferiva l’intento, ormai deluso, di un’ambiziosa carriera militare all’impegno religioso di cogliere la gloria riservata ai santi. Durante il suo periodo di degenza cominciò pian piano a dedicarsi alla preghiera, alla lettura di testi sacri, alla meditazione, scrivendo alcuni appunti che in seguito avrebbero dato vita ai suoi Esercizi spirituali. Appena ristabilito, partì per Barcellona, per imbarcarsi per Gerusalemme come un umile pellegrino. Mentre era in viaggio, si fermò al santuario di Monserrat per una veglia davanti alla cappella della Madonna, dove scambiò i suoi abiti cavallereschi con quelli di un pellegrino e da lì, il 25 marzo 1522, entrò nel monastero di Manresa, in Catalogna, Dopo la “veglia d’armi” assunse il nuovo nome di Ignazio. Nel febbraio 1523 da Manresa si recò a Roma, ottenne da Adriano VI la licenza del passaggio a Gerusalemme, e là approdò il 4 settembre dello stesso anno. Dopo 20 giorni di vita eremitica presso i luoghi santi fu costretto a riprendere il mare; durante il viaggio comprese che le sue conoscenze linguistiche e scientifiche erano scarse, Ignazio tornò sui banchi di scuola, tra i bambini, e imparò il latino, poi si iscrisse all’università di Parigi, dove conseguì il baccalaureato. Il 15 agosto del 1534, Ignazio e altri sei studenti Pierre Favre, Francesco Saverio, Giacomo Laínez, Alfonso Salmerón, Nicolás Bobadilla, e Simão Rodrigues, con un voto di povertà, castità e obbedienza fondarono un ordine a carattere internazionale chiamato con un termine d'origine militare la Compagnia di Gesù (Societas Jesu). A Venezia, dove giunse agli inizi del 1536, fu ordinato sacerdote il 24 giugno 1537 e nell’ottobre dello stesso anno con Pierre Fabro e Diego Lainez si recò a Roma dal pontefice. Ignazio fu eletto preposito generale del nuovo istituto, compito che effettuò per 15 anni; rimasto a Roma per volere del papa, coordinava l’attività dell’Ordine, nonostante soffrisse dolori lancinanti allo stomaco, dovuti ad una calcolosi biliare e a una cirrosi epatica mal curate, limitava a quattro ore il sonno per adempiere a tutti i suoi impegni e per dedicarsi alla preghiera e alla celebrazione della Messa. Il male fu progressivo limitandolo man mano nelle attività. Morì il 31 luglio 1556, a 65 anni.